En la transición del martes al miércoles santos del año 1905, cuando eran las doce de la noche del 18 de abril, fallecía en Madrid, en su casa de la Cuesta de Santo Domingo, nuestro ilustre paisano don Juan Valera y Alcalá Galiano. Su entierro constituyó un duelo de estado como recogían las columnas de El Imparcial.
Fue una jornada fría en Madrid y el diario en el que Valera tantas veces había publicado sus trabajos, El Imparcial, que consideraba a Valera "el más entusiasta americanista de España", recogía la crónica de su entierro. El miércoles 19 y el jueves 20 de abril, el diario dedicó a don Juan varias columnas de su portada reseñando la muerte de Valera, y el momento en que la "casa de Valera que era lugar de peregrinación de literatos se convierte en sitio de pésame y la muerte de Valera no solo es el duelo de España sino de cuantos leen en el castellano idioma". Se habla de la decisión del Consejo de Estado para presidir el duelo oficial y la representación para asistir al entierro junto a pliegos de firmas para recoger el pésame y condolencias de las numerosas personas que pasaran por el duelo. Incluso se convocó el consejo de ministros para acordar todo lo referente al sepelio de tan ilustre literato español.
Al ser Semana Santa, en aquellos años las limitaciones de actos en un Jueves Santo era casi total por lo que hubo que pedir permiso al Ayuntamiento de Madrid para que pudieran usarse los carruajes fúnebres al efecto.
El consejo de ministros había aprobado, en aquella sesión extraordinaria, que sería a cuenta del Estado el funeral en San Francisco el Grande con invitación a las Reales Academias, los centros científicos y literarios y dependencias oficiales que fueron invitadas por el Ministerio de Instrucción Pública que presidiría el entierro y todo se hizo "de igual forma que cuando el entierro de don Ramón de Campoamor".
El entierro, según la crónica, fue "una grandiosa manifestación de duelo" que presidían los familiares de Valera, el ministro de Instrucción Pública y otros representantes del Gobierno, representación de la casa real, la reina madre o la infanta Isabel, otros nobles de la corte, representantes de diversas instituciones, políticos, artistas (Echegaray, Pérez Galdós o Benlliure), asociaciones, representantes diplomáticos, academias con sede en Madrid y la presencia del fiel compañero y amanuense de don Juan, Pedro - "Periquito" - de la Gala.
El entierro fue "por la calle del Arenal, Puerta del Sol y calle Mayor donde se despidió el duelo delante del Consejo de Estado. Hasta allí fueron a pie todos los concurrentes". Más de 300 personas acomparon el carruaje fúnebre hasta el cementerio de Madrid donde recibió cristiana sepultura -en el patio de san Millán-, el cuerpo sin vida "del insigne literato, gloria de las hispanas letras".
Tras ser enterrado en Madrid, sus restos se trajeron a Cabra en 1975 y se depositaron en el Cementerio municipal San José, en un mausoleo que se situó a la entrada del camposanto. Realizado en mármol rojo de Cabra, un sarcófago que había guardado lo que quedó de aquella mujer idealizada por Valera, Pepita Jiménez y que en la vida real fue su tía Dolores Valera.